样本与细胞裂解缓冲液混合，使得细胞破碎并将核酸释放。在裂解缓冲液中纳米磁珠颗粒通过表面修饰的功能基团能与游离的DNA特异性的结合，形成磁珠-DNA复合物。在外磁场力的作用下，将磁珠-DNA复合物转移到洗涤缓冲液中，洗去多余的杂质。再在外磁场力的作用下转移到洗脱缓冲液中，将DNA洗脱回收。
